Саме довгоочікувана подія для семінарії - вакансії, коли бурсаки (казённокоштние семінаристи) розпускаються по домівках. Групами вони направляються з Києва по великій дорозі, заробляючи прожиток духовною піснею по заможних хуторах.
Три бурсака: богослов Халява, філософ Хома Брут і ритор Тиберій Горобець, - збившись в ночі з дороги, виходять до хутора. Стара господиня пускає бурсаків переночувати з умовою, що покладе всіх в різних місцях. Хома Брут вже збирається заснути до нестями в порожньому овечому хліву, як раптом входить баба. Блискаючи очима, вона ловить Хому та сплигує йому на плечі. «Еге, та це відьма», - здогадується бурсак, але вже несеться над землею, піт котиться з нього градом. Він починає пригадувати всі молитви і відчуває, що відьма при цьому слабшає. З швидкістю блискавки встигає Хома вистрибнути з-під баби, підхоплюється їй на спину, підхоплює поліно і починає охаживать відьму. Лунають дикі крики, баба падає в знемозі на землю - і ось уже перед Хомою лежить з останніми стогонами молода красуня. У страху бурсак пускається бігти щодуху і повертається до Києва.
Хому закликає до себе ректор і наказує їхати в дальній хутір до багатющого сотникові - читати відхідні молитви за його дочки, яка повернулася з прогулянки побитої. Передсмертне бажання панночки: відхідну по ній три ночі повинен читати семінарист Хома Брут. Щоб він не втік по дорозі, надіслана кибитка і людина шість здорових Козаков. Коли бурсака привозять, сотник запитує його, де він познайомився з його дочкою. Але Хома сам цього не знає. Коли його підводять до труни, він дізнається в панночці ту саму відьму.
За вечерею бурсак слухає розповіді Козаков про витівки панночки-відьми. До ночі його замикають в церкві, де стоїть труна. Хома відходить до кліросу і починає читати молитви. Відьма встає з труни, але натикається на окреслене Хомою навколо себе коло. Вона повертається в труну, літає в ньому по церкві, але гучні молитви і коло захищають Хому. Труну падає, що позеленів труп встає з нього, але чується віддалений крик півня. Відьма падає в труну, і кришка його зачиняються.
Вдень бурсак спить, п'є горілку, тиняється по селищу, а до вечора стає все задумчивее. Його знову відводять до церкви. Він креслить рятівний круг, читає голосно і піднімає голову. Труп коштує вже поруч, втупивши в нього мертві, позеленіли очі. Страшні слова відьмацьких заклинань вітер несе по церкві, незліченна нечиста сила ломиться в двері. Крик півня знову припиняє бісівське дійство. Став сивим Хому знаходять вранці ледве живого. Він просить сотника відпустити його, але той загрожує страшним покаранням за непослух. Хома намагається бігти, але його ловлять.
Тиша третьої пекельної ночі усередині церкви вибухає тріском залізної кришки труни. Зуби відьми стукають, з вереском мчать заклинання, двері зриваються з петель, і незліченна сила чудовиськ наповнює приміщення шумом крил і царапаньем кігтів. Хома вже співає молитви з останніх сил. «Наведіть Вія!» - кричить відьма. Приосадкувате Косолапов чудовисько з залізним обличчям, ватажок нечистої сили, важкими кроками вступає до церкви. Він наказує підняти йому повіки. «Не дивись!» - чує внутрішній голос Хома, але не втримується і дивиться. "Ось він!" - вказує Вій на нього залізним пальцем. Нечиста сила кидається на філософа, і дух вилітає з нього. Уже вдруге кричить півень, перший прослухали духи. Вони кидаються геть, але не встигають. Так і залишається навіки стояти церква з загрузала в дверях і вікнах чудовиськами, обростає бур'яном, і ніхто не знайде до неї тепер дороги.
Дізнавшись про долю Хоми, Тиберій Горобець і Халява поминають у Києві його душу, укладаючи після третього кухля: пропав філософ тому, що побоявся.
