20 травня 1859 р Микола Петрович Кірсанов, сорокатрирічний, але вже немолодий на вигляд поміщик, хвилюючись, очікує на заїжджому дворі свого сина Аркадія, який тільки що закінчив університет.
Микола Петрович був сином генерала, але призначена йому військова кар'єра не відбулася (він в молодості зламав ногу і на все життя залишився «кривенька»). Микола Петрович рано одружився на доньці незнатного чиновника і був щасливий у шлюбі. До його глибоке горю, дружина в 1847 р померла. Всі свої сили і час він присвятив вихованню сина, навіть в Петербурзі жив разом з ним і намагався зблизитися з товаришами сина, студентами. Останнім часом він посилено зайнявся перетворенням свого маєтку.
Настає щасливу мить побачення. Однак Аркадій з'являється не один: з ним високий, некрасивий і самовпевнений молодий людина, яка починає доктор, який погодився погостювати у Кірсанових. Звуть його, як він сам себе атестує, Євген Васильович Базаров.
Розмова батька з сином на перших порах не клеїться. Миколи Петровича бентежить Фенечка, дівчина, яку він містить при собі і від якої вже має дитину. Аркадій поблажливим тоном (це злегка коробить батька) намагається згладити виниклу незручність.
Удома їх чекає Павло Петрович, старший брат батька. Павло Петрович і Базаров відразу ж починають відчувати взаємну антипатію. Зате дворові хлопчаки і слуги гостю охоче підкоряються, хоча він зовсім і не думає шукати їх розташування.
Вже на наступний день між Базаровим і Павлом Петровичем відбувається словесна сутичка, причому її ініціатором є Кірсанов-старший. Базаров не хоче полемізувати, але все ж висловлюється з головних пунктів своїх переконань. Люди, за його уявленнями, прагнуть до тієї чи іншої мети, тому що відчувають різні «відчуття» і хочуть домогтися «користі». Базаров упевнений, що хімія важливіше мистецтва, а в науці важливіше всього практичний результат. Він навіть пишається відсутністю у нього «художнього сенсу» і вважає, що вивчати психологію окремого індивідуума нема чого: «Досить одного людського примірника, щоб судити про всі інші». Для Базарова не існує жодного «постанови в сучасному нашому побуті ... яке б не викликало повного і нещадного заперечення». Про власних здібностях він високої думки, але своєму поколінню відводить роль не творчу - «спершу треба місце розчистити».
Павлу Петровичу «нігілізм», що сповідували Базаровим і наслідують йому Аркадієм, представляється зухвалим і необгрунтованим вченням, яке існує «в порожнечі».
Аркадій намагається якось згладити виниклу напругу і розповідає одному історію життя Павла Петровича. Він був блискучим і багатообіцяючим офіцером, улюбленцем жінок, поки не зустрів світську левицю княгиню Р *. Пристрасть ця абсолютно змінила існування Павла Петровича, і, коли роман їх закінчився, він був повністю спустошений. Від минулого він зберігає лише вишуканість костюма і манер та перевагу всього англійського.
Погляди і поведінку Базарова настільки дратують Павла Петровича, що він знову атакує гостя, але той досить легко і навіть поблажливо розбиває всі «силогізми» супротивника, спрямовані на захист традицій. Микола Петрович прагне пом'якшити суперечка, але і він не може в усьому погодитися з радикальними висловлюваннями Базарова, хоча і переконує себе, що вони з братом вже відстали від життя.
Молоді люди відправляються в губернське місто, де зустрічаються з «учнем» Базарова, нащадком відкупника, Ситніковим. Ситников веде їх в гості до «емансипованої» дамі, Кукшин.Ситников і Кукшина належать до того розряду «прогресистів», які відкидають будь-які авторитети, ганяючись за модою на «вільнодумство». Вони нічого толком не знають і не вміють, проте в своєму «нігілізм» залишають далеко за собою і Аркадія, і Базарова. Останній Ситникова відверто зневажає, а у Кукшин «займається більше шампанським».
Аркадій знайомить одного з Одинцовій, молодою, красивою і багатою вдовою, якій Базаров відразу ж зацікавлюється. Інтерес цей аж ніяк не платонічний. Базаров цинічно говорить Аркадію: «Пожива є ...»
Аркадію здається, що він закоханий в Одинцову, але це почуття напускне, тоді як між Базаровим і Одинцовій виникає взаємне тяжіння, і вона запрошує молодих людей погостювати у неї.
У будинку Ганни Сергіївни гості знайомляться з її молодшою сестрою Катею, яка тримається скуто. І Базаров відчуває себе не в своїй тарілці, він на новому місці почав дратуватися і «дивився сердито». Аркадію теж не по собі, і він шукає розради в суспільстві Каті.
Почуття, навіяне Базарову Ганною Сергіївною, ново для нього; він, так зневажав всякі прояви «романтизму», раптом виявляє «романтика в самому собі». Базаров пояснюється з Одинцовій, і хоча та не негайно ж звільнилася від його обіймів, проте, подумавши, вона приходить до висновку, що «спокій <...> найкраще на світлі».
Аби не допустити стати рабом своєї пристрасті, Базаров їде до батька, повітовому лікареві, що живе неподалік, і Одинцова не утримує гостя. В дорозі Базаров підводить підсумок того, що сталося і каже: «... Краще камені бити на бруківці, ніж дозволити жінці заволодіти хоча б кінчиком пальця. Це все <...> дурниця ».
Батько і мати Базарова не можуть надихатися на свого ненаглядного «Енюшу», а він нудьгує в їхньому товаристві. Вже через пару днів він залишає батьківський дах, повертаючись до маєтку Кірсанових.
Від спеки і нудьги Базаров звертає увагу на Фенечку і, заставши її одну, міцно цілує молоду жінку. Випадковим свідком поцілунку стає Павло Петрович, якого до глибини душі обурює вчинок «цього волохатого». Він особливо обурюється ще й тому, що йому здається: в Фенечке є щось спільне з княгинею Р *.
Відповідно до своїх моральних переконань, Павло Петрович викликає Базарова на поєдинок. Відчуваючи себе ніяково і, розуміючи, що поступається принципами, Базаров погоджується стрілятися з Кірсанова-старшим ( «З теоретичної точки зору дуель - безглуздість; ну, а з практичної точки зору - це справа інша»).
Базаров злегка ранить противника і сам подає йому першу допомогу. Павло Петрович тримається добре, навіть жартує над собою, але при цьому і йому і Базарова ніяково. Микола Петрович, від якого сховали справжню причину дуелі, також поводиться самим благородним чином, знаходячи виправдання для дій обох супротивників.
Наслідком дуелі стає і те, що Павло Петрович, раніше рішуче заперечували проти одруження брата на Фенечке, тепер сам вмовляє Миколи Петровича зробити цей крок.
І у Аркадія з Катею встановлюється гармонійне взаєморозуміння. Дівчина проникливо зауважує, що Базаров для них - чужий, тому що «він хижий, а ми з вами ручні».
Остаточно втративши надію на взаємність Одинцовій Базаров ломить себе і розлучається з нею і Аркадієм. На прощання він каже колишньому товаришеві: «Ти хороший хлопець, але ти все-таки мякенький, ліберальний панич ...» Аркадій засмучений, але досить скоро тішиться суспільством Каті, пояснюється їй у коханні і переконується, що теж любимо.
Базаров ж повертається в батьківські пенати і намагається забутися в роботі, але через кілька днів «лихоманка роботи з нього зіскочила і замінилася тоскно нудьгою і глухим занепокоєнням». Пробує він заговорювати з мужиками, проте нічого, крім дурості, в їх головах не може виявити. Правда, і мужики бачать в Базарова щось «начебто блазня горохового».
Практикуючись на трупі тифозного хворого, Базаров ранить собі палець і отримує зараження крові.Через кілька днів він повідомляє батька, що, за всіма ознаками, дні його полічені.
Перед смертю Базаров просить Одинцову приїхати і попрощатися з ним. Він нагадує їй про свою любов і зізнається, що все його горді помисли, як і любов, не збулися. «А тепер усе завдання гіганта - як би померти пристойно, хоча нікому до цього діла немає ... Все одно: виляти хвостом не стану». З гіркотою говорить він, що не потрібен Росії. «Та й хто потрібен? Швець потрібен, кравець потрібен, м'ясник ... »
Коли Базарова за наполяганням батьків причащають, «щось схоже на здригання жаху миттєво відбилося на помертвілими особі».
Минає шість місяців. У невеликій сільській церкві вінчаються дві пари: Аркадій з Катею і Микола Петрович з Фенечкой. Всі були задоволені, але щось в цьому достатку відчувався і штучне, «точно все погодилися розіграти якусь простодушну комедію».
Згодом Аркадій стає батьком і завзятим господарем, і в результаті його зусиль маєток починає приносити значний дохід. Микола Петрович приймає на себе обов'язки мирового посередника і старанно трудиться на громадській ниві. Павло Петрович проживає в Дрездені і, хоча як і раніше виглядає джентльменом, «жити йому важко».
Кукшин мешкає в Гейдельберзі і приятелює зі студентами, вивчає архітектуру, в якій, за її словами, вона відкрила нові закони. Ситников одружився з княжною, їм Зневажати, і, як він запевняє, продовжує «справу» Базарова, борючись в ролі публіциста в якомусь темному журналі.
На могилу Базарова часто приходять старезні старички і гірко плачуть і моляться за упокій душі передчасно померлого сина. Квіти на могильному горбку нагадують не про один спокої «байдужою» природи; вони говорять також про вічне примирення і про життя нескінченної ...