Події роману починаються з проводів в Московію Антона Еренштейна, барона за походженням, запрошеного в якості лікаря до великого князя Іоанна III. Але як довелося синові дворянина стати лікарем в XV в., Коли «інквізиція цих всесвітніх парій смажила тисячами»?
Задовго до цього дня, в Римі, під час церемонії закладки собору Св. Петра німецький барон незаслужено принизив лікаря Антоніо Фіоравенті. Три роки по тому доля привела талановитого лікаря в будинок його кривдника на годину, коли головному особі розповіді, синові барона, ніяк не вдавалося, хоча термін уже настав, з'явитися на світло. Одержимий помстою італієць зажадав від барона Еренштейна клятви пов'язати долю первістка з такого, що принижує дворянина ремеслом лікаря. Лікарський геній Фіоравенті був останньою надією нещасного чоловіка, і страх втратити красуню дружину змусив барона дати клятву. Через кілька хвилин у пані Еренштейн народився син, і вона, нічого не підозрюючи, в подяку лікарю дала йому ім'я Антон.
Через рік батьки зі сльозами віддали своє дитя Фіоравенті. Зарозумілий барон з честолюбства зовсім відмовився від сина - хлопчику повідомили про смерть батька. Мати ж, навпаки, все своє життя присвятила милому вигнанцеві: адже той висловлював у всіх своїх вчинках височина почуттів і якусь лицарську відвагу. Так, раз в Празі школярі зацькували було собаками єврея. Побачивши це, Антон кинувся на величезних псів, повалив їх замертво кинджалом, а школярів побив.
На двадцять п'ятому році молодий Еренштейн закінчив медичний курс в Падуанському університеті, помста Фіоравенті задоволено. Антон мандрував по Італії, брав уроки анатомії у Леонардо да Вінчі. Портрет нашого героя залишився в образах небесних вісників на полотнах художника, якого вразило з'єднання на обличчі юнака краси душевної з зовнішньою. Але в освіченої Італії Антон побачив «багаття, кинджал і отрута на кожному кроці, скрізь обурення, наругу над людством, торжество дурною черні і розпусну сили».
Навпаки, в листах Аристотеля Фіоравенті, брата його вихователя, знаменитого зодчого, який перебував при дворі московського князя, описувалася Русь, країна дика, але відроджується. Бути може, Софія Палеолог вказала свого царственого дружину кошти здійснити ідеї зовнішнього величі міста, в той час як в голові і серці Іоанна III носилися плани об'єднання російських земель, і європейські майстри відправлялися юрбою на поклик Москви. І молодий Еренштейн, дізнавшись про прохання зодчого підшукати князю лікаря, мисливця в країну маловідому, з запалом вирішив їхати в Московію.
При в'їзді столиця великого князівства представляє лікаря потворну купу будиночків в щетині лісу і зустрічає іноземця приуроченим до його приїзду спаленням обумовлених литовців. Жителі лякаються чаклуна, і спочатку Антону, який приїхав покласти кілька лепт в скарбницю наук, доводиться знімати типун у княжого папуги та робити блазня огляд мов придворних.
Більш того, підступні бояри Русалка і Мамон порадили государю поселити латинщіка в будинок воєводи Сімского, на прізвисько Зразок. Той ненавидить поганих німців усією силою своєю суворою душі, не може їм пробачити смерті, наздогнавший улюбленого сина на батьківських очах у бою проти ливонцев. Є ще у воєводи інший син, Іван Хабар-Сімской, витрачає незвичайну відвагу і життя розгульне, і чудова красуня дочка Анастасія, яку старий береже від лихого ока в теремі. Зразок шанує Аристотеля Фио-равенті і його сина Андрійка, хрещеного за православним обрядом, мандрівника Афанасія Нікітіна, а від іновірця постояльця відгороджується глухою стіною. Але дочка його, раз глянувши з віконця на жахливого басурмана, відчула якесь задоволення обманутого побоювання, ніколи ще не випробуваний.
Аристотель з любов'ю приймає названого сина свого брата. Сам мрійник, який вирішив на краю Європи спорудити храм Богородиці велетенського розміру, він до часу для московського князя ллє гармати і дзвони, обпікає цегла. Зодчий допомагає Антону не впасти духом серед народу-немовляти. Антон-лікар щодня більш і більш входить в милість великого князя.
На Благовіщення у вікні перед Еренштейн майнув чудовий нарис особи і вогненний погляд Анастасії. З цього часу ім'ям її він славословить природу, людство, Бога.
Іоанн III зосереджує сили Русі. Твер відділяє його від північних областей. Політичної хитрістю і військовою силою Іоанн готується знищити цю перепону. Військо припускає він доручити переможцю Новгорода, князю Холмському. Але вночі у Антона рятується від в'язниці один Зразка, саме князь Холмський, який відмовився йти проти своєї батьківщини. Ця подія порушує кордон в будинку, що відділяла православну половину від басурманской.
Хабар незабаром просить Антона допомогти своїй коханій, яку спробувала отруїти суперниця. Прекрасна Гаіда - наложниця слабкого і хвалькуватого Андрія Палеолога - врятована силою лікарських зілля. За те брат великої княгині обдаровує лікаря золотим ланцюгом. Пам'ятаючи про бідну своєї матері, Антон приймає подарунок. Але на що пішла потім бенкеті хмільний Палеолог порочить російську землю. Хабар дає йому ляпас; Антон ж кидає подарунок назад, до ніг останнього византийца.
Дізнавшись про подію, Іван Васильович велить боярину Мамон подарувати Хабар сто рублів і поклонитися тричі в ноги. Мамон ненавидить Зразка і його домочадців за давній відмова видати за його сина Анастасію. Прийшовши до Хабару, жахливий в своєму помсті боярин подає княжий гроші і ображає ворога. Хабар викликає Мамона битися на смерть. Іоанном наказано «полю» бути не раніше, ніж полки повернуться з Твері. Попередимо події: бій, як Божий суд, відбудеться, Мамон буде переможений, але Хабар не відніме у ворога життя.
Анастасія вже не захищається від того, що перш почитала чарівністю. З Андрійком передає вона чаклуна найдорожче, що у неї є, - натільний хрест: якщо одягне його, спасеться на тому світі від смоли палаючої. Радісний Антону дорогоцінний дар, але, побоюючись погубити душу коханої поганою славою, з ніжністю повертає тільник.
Напередодні походу прибуває в Москву посол Фридерика III Микола Поппель, прийомний син барона Еренштейна. Він привіз пропозицію свого повелителя просимо Івана III в королі. Але рівний рівного не шанує. Є у лицаря Поппеля доручення від батька: запевнити государя, що Антон-лікар привласнив собі самовладно дворянське прізвисько, настільки знамените в Німеччині.
Настав день виступати війську на Твер. Воєвода Хабар очолює загін розвідників. Вогнепальними знаряддями управляє Аристотель. Казкаря Афанасія Нікітіна ведуть закутого - він, товариський уродженець, знає там кожен кущ. І Дворському лікареві наказано сісти на коня і супроводжувати підкорювачеві. У тому поході йому разом з хабаром вдасться відзначитися при затриманні тверського князя. Їх вилазка збереже місто від розорення - шурин Івана Васильовича, князь тверський, світом відімкне міські ворота Повернеться німець з походу в російській плаття - він бажає заслужити довіру росіян.
Військо з перемогою повертається в Москву. Антон сходить на свою половину, чує шурхіт за дверима. Анастасія! .. Сама прийшла до нього благати звільнити її від чар і охреститися. Він клянеться, що християнин, що шанує чарівництво гріхом. Після її відходу Антон твердить в душі обітницю: не з користі, а з любові повинен він прийняти російське сповідання, а не відректися від Христа і потім просити руки боярської дочки. Але людський поголос змушує його поспішити. Антон вирушає пішки в село до Афоні Нікітіну. Старець вислуховує челобитье гостя, виявляє готовність бути печальник і сватом і гідно виконує свою місію: батько віддає Анастасію німцеві.
Через годину Антон-лікар відправляється в зворотний шлях. В болотистому переліску його рятує від розбійників єврей Захарій, якому він свого часу допоміг в Празі уникнути загибелі.
На наступний ранок відбувається покарання єретиків. Одне подія затьмарює люду це видовище: несподівано кінь царевича Каракачі скидає вершника, єдиного сина царевича Даньяра. Великий князь наказує своєму лікареві вилікувати сина свого татарського приятеля. Антон ручається, коли він стане лікувати і йому не заважатимуть, царевич буде здоровий. На упередження Даньяра государ вимагає від лікаря голови в заставу. Мета вирвати Русь з рук невігластва бере верх, і чесний лікар дає клятву, але за умови, що всі його вимоги стануть дотримуватися в точності, а один з довірених бояр Іоанна буде спостерігати за цим під час відсутності лікаря,
Каракача швидко видужує. Примхливий татарин вже пред'являє своєму лікареві вимоги на Анастасію - йому першому вона була обіцяна. Після суперечки Антон надсилає царевичу нові ліки. Вночі спостерігав за виконанням розпоряджень лікаря боярин Русалка замінює склянку. На ранок старий царевич сам дає синові питво, а ще через чверть години Каракача вмирає.
Антона кидають в тюремну хату. Великий князь московський стримав своє слово перед Даньяром: незважаючи на благання друзів Антона, він віддає лікаря на розтерзання татарам. За блаженства нареченого платить безневинний болісною смертю. Анастасія, залишившись без судженого, не витримує і накладає на себе руки.
