Дія відбувається в Москві в 1584 р і починається сваркою в Боярської думи: Михайла Нагой, брат цариці Марії Федорівни, сперечається за місце з Салтиковим і втягує в сварку інших бояр. Захар'їн-Юр'єв, брат першої Царьової дружини, перериває суперечки, заговоривши про важливість зібрав їх справи: Іоанн, переймаючись каяттям після вбивства сина, вирішив прийняти чернечий сан і вказав Думі обрати собі наступника. Між тим «вороги з усіх боків воюють Русь», в ній же мор і голод. Князь Мстиславській говорить про непохитність царя в його вирішенні. Нагой пропонує малолітнього Димитрія-царевича з царицею і, при необхідності, «правителя», яким готовий бути сам; Сицкий - Захар'їна, що не заплямував себе нічим. Захар'їн ж говорить за Івана Петровича Шуйського, нині сидить в обложеному Пскові.
Однак цар потрібен негайно. Захар'їн запитує ради у Годунова, що не чінівшегося про місця і скромно сів всіх нижче. Той, детально змалювавши незавидне становище держави, говорить про неможливість змінювати царя в таку пору і кличе бояр просити Іоанна залишитися на престолі. Сицкий, поминаючи злодіяння царя, марно намагається зупинити бояр. Вони відправляються до царя, по шляху вирішуючи, хто буде вести мову, і боячись государева гніву. Годунов бере ризик на себе. Іоанн, одягнений вже в чорну рясу, знявши шапку Мономаха, в опочивальні чекає рішення бояр і журиться воспоминаньем останнього лиходійства. Прибуває гонець із Пскова, якого цар спочатку відсилає до «новому владиці», але потім, почувши, що новина радісна, вислуховує розповідь про відображення штурмів і відступі Батура від Пскова. Йому подають лист від Курбського, в якому той дорікає царя нескладним складом, загрожує швидким взяттям Пскова, багато злодійства Іоанна називає причиною теперішнім його поразок і уїдливо поминає його видалення від справ. Іоанн впадає в лють, бо, погубивши всіх родичів Курбського, безсилий зігнати на комусь свою досаду. Приходять бояри, яких цар зустрічає в сильному роздратуванні. Вислухавши коротку промову Годунова, він одягає Мономахового шапку, докоряючи змусили його до того бояр, і цілує Годунова, що вів сміливі і зухвалі промови «для блага держави». Відсутність Сицкого не залишається непоміченим, і цар, не бажаючи слухати заступників, розпоряджається про страту.
У царських покоях Годунов з Захарьіним очікують Іоанна, і Годунов каже, що цар, бажаючи розлучитися з царицею, сватає племінницю англійської королеви. Обурений Захар'їн запитує, як відмовляв Годунов Іоанна, і отримує відповідь, що впливати на Іоанна можна лише обхідним шляхом. Входить Іван і повідомляє про бунт в польських військах під Псковом і про очікування посла з Варшави, посланого, на його думку, просити миру. Він карає Захар'їна повідомити цю звістку народу. Годунову він велить обговорити з англійським послом умови майбутньої одруження. Той намагається заступитися, за царицю і отримує гнівну одповідь, повну погроз. Залишившись один, Годунов картає себе за явлене м'якосердя і зарікається віддавати перевагу совість користь справи. У будинку Василя Івановича Шуйського бояри Мстиславській, Бєльський і брати Нагие змовляються погубити Годунова. Вирішують, скориставшись роздратуванням народу, звалити всі біди на Годунова, і Шуйський пропонує для виконання задуму Михайлу Битяговского. Той береться взбунтовать народ і підбити його на вбивство. Бєльський пропонує для того ж послати Прокоф Кікіна. Приходить Годунов. Гості спішно розходяться. Годунов скаржиться Шуйського, що його не люблять в Думі, Шуйський запевняє його в своєму розташуванні і підтримки і йде, раптово покликаний царем. Годунов, залишившись наодинці з Бітяговскій, виявляє досконале своє знайомство з його намірами і, пригрозивши йому небаченими стратами, відправляє на ті ж площі намовляти народ проти Шуйського з Бєльським, бажаючих «царя отрутою вапна».
Між тим цариця не велить мамці царевича підпускати до нього кого б то не було, і особливо Годунова Одному лише Микиті Романовичу Захар'їна вона довіряє. Приходить Захар'їн. Цариця говорить йому про чутки в палаці і запитує, чи не вірно ль її підозра, що цар хоче кинути її з Димитрієм. Захар'їн просить її бути готовою до всього, цареві не перечити і довіряти Годунову. Приходить Іван з Годуновим і, в очікуванні вийшла одягнутися цариці, вислуховує умови англійського посла і розпитує про який прибув польському після Гарабурда, гадаючи, які землі обіцяє Польща за мир, і не бажаючи слухати побоювань щодо мети цього посольства Що увійшла цариці Іоанн оголошує про майбутнє розлучення і постриг, Димитрію обіцяє на спадок УГЛИЧ і, вислухавши заступництво Захар'їна, загрожує йому стратою. У престольне палаті Іоанн приймає польського посла Гарабурда. Вимоги Батура настільки принизливі (вивести з землі Лівонської полиці і віддати Польщі Смоленськ, Полоцьк, Новгород і Псков), що, при загальному гомоні, цар впадає в сказ і, вислухавши запрошення польського короля до єдиноборства, збирається зацькувати його посла собаками і жбурляє в нього сокирою. Гарабурда зауважує, що Іоанну невідомі новини про нещастя російських полків на кордоні, про взяття шведами Нарови і про спільне їх з Батурою поході на Новгород, і, пообіцявши Іоанну зустріч з королем в Москві, йде. Вбігає Годунов підтверджує всі повідомлення Гарабурда, але цар велить повісити брехливих гінців і служити по всіх церквах переможні молебні.
На площі в Замоскворіччя натовп хвилюється перед Лабазов, обурюючись ціною на хліб, приставами, що беруть хабарі, і тим, що цар не карає кривдників. З'являється Кикин, одягнений мандрівником, винить Годунова і посилається на Боже знамення, «криваву, хвостату зірку». Він каже, що в Києві бачив диво: Софійський хрест у вогні і голос, що закликав повстати на Годунова Чути голоси на захист Годунова, голоси, що закликають бити захисників, і, нарешті, голос Битяговского, що є в каптані нарозхрист з молодецький піснею на устах. Він розповідає, що Шуйський з Бєльським збиралися отруїти царя, але Годунов кинув отруєний пиріг собаці. Коли Бітяговскій в подиві вказують на мандрівника, який бачив диво, він називає його по імені і каже, що той підісланий навмисно. З'являється Григорій Годунов, що оголошує, що Борис Годунов скуповує всі запаси з власної скарбниці і завтра роздасть їх безгрошової. Народ кидається на Кікіна. У царських покоях цариця, сестра Годунова Ірина та його дружина Марія дивляться на комету. Цар дивиться на неї з ганку. Привезені волхви і ворожки розгадати, для чого з'явилася комета. З'являється Іоанн і заявляє, що зрозумів знамення: комета сповіщає його смерть. Він просить вибачення у цариці і, бажаючи точно знати час кончини, щоб не померти без покаяння, закликає волхвів. Вони називають Кириллин день. На вимогу царя Годунов читає синодик, де перераховані його жертви, Іоанн доповнює список. Приїжджає дворецький з Слободи з повідомленням, що в зимовий день від удару блискавки згорів палац. Вражений Іоанн просить у всіх прощення, несамовито молиться і питає Федора, як той збирається правити, але Федір просить поставити кого-небудь іншого на царство. Приносять дві грамоти: про наближення хана до Москви і повстанні навколо Казані. Призводять схимника, тридцять років живе на самоті. Іоанн, залишившись з ним наодинці, говорить про спіткали Русь лихах і просить поради. Схимник називає багатьох людей, здатних протистояти ворогові, - всі вони загублені царем. Він говорить про царевича, але і царевич мертвий. Провівши схимника, Іоанн примушує бояр Мстиславського, Бєльського, Захар'їна і Годунова цілувати хрест в тому, що вони будуть служити Федору, і п'ятим призначає Івана Петровича Шуйського, буде той вціліє під Псковом. Він відправляє послів до Литви укласти з Батурою світ на самих принизливих умовах, вважаючи, що після його смерті Батура зажадає ще більше, і бажаючи своїм нечуваним приниженням спокутувати гріхи.
У Кириллин день царю краще. Годунов таємно викликає ворожок, і вони кажуть, що день ще не скінчився. Годунову ж передрікають царський престол, поминають три відокремлюють його від величі зірки і його головного таємничого противника ( «слабкий, але могутній - безвинно, але винен - сам і не сам», «убитий, але живий»). Приходить доктор Якобі, який відповідає Годунову, що царя необхідно вберегти від подразнень, і для того Бєльський скликав скоморохів. Годунов приймає Бітягов-ського і дізнається, що народ озлоблений проти Шуйського з Бєльським. Тим часом Іван розглядає скарби, пріісківая подарунки англійській королеві і нареченій, поблизу царя крутиться блазень, в сусідніх покоях скоморохи очікують знака. Цар назавтра призначає страту волхвам і посилає Бориса оголосити їм про це. Він торжествує, але підозрілий і схильний до подразнення; сівши грати в шахи з Бєльським, упускає короля. Повертається Годунов і, довівши царя до нестями багатозначним мовчанням, оголошує відповідь волхвів, що їх наука достовірна і що Кириллин день ще не минув. У гніві Іоанн називає Годунова зрадником, звинувачує його в замаху на життя свою, кличе катів і падає. Загальна сум'яття. Цар кличе духівника, бояри - докторів, помилково вбігають скоморохи. Іоанн вмирає. Народ на площі кричить, що царя винищили отрутою Шуйський з Бєльським, і розгублений Федір доручає пояснення Годунову. Годунов відправляє бояр на заслання, Мстиславського, якого поряд з голими Бітяговскій звинувачує в смути, в монастир, Нагих - в УГЛИЧ разом з царицею і Димитрієм. Федір, ридаючи, обнімає Годунова. Народ на площі славить обох.
