«На березі пустельних хвиль» Неви стоїть Петро і думає про місто, який буде тут побудований і який стане вікном Росії в Європу. Минуло сто років, і місто «з темряви лісів, з багні блат / вознісся пишно, гордовито». Творіння Петра прекрасно, це торжество гармонії і світла, яке прийшло на зміну хаосу і пітьмі.
Листопад Петербурзі дихав холодом, Нева хлюпала і шуміла. Пізно ввечері повертається додому в свою комірчину в бідному районі Петербурга, званому Коломна, дрібний чиновник на ім'я Євген. Колись рід його був знатний, але зараз навіть спогад про це стерлося, а сам Євген цурається знатних людей. Він лягає, але не може заснути, развлечённий думками про своє становище, про те, що з прибуває річки зняли мости і що це на два-три дні розлучить його з коханою, Парашею, що живе на іншому березі. Думка про Параша народжує мрії про одруження та про майбутнє щасливе і скромного життя в колі сім'ї, разом з люблячою і коханою дружиною і дітьми. Нарешті, заколисаний солодкими думками, Євген засинає.
«Тане імла похмурої ночі / І блідий день вже настає ...» настав день приносить страшне нещастя. Нева, що не здолавши сили вітру, перегородив їй шлях в затоку, хлинула на місто і затопила його. Погода лютішала все більше, і скоро весь Петербург опинився під водою. Розлючений хвилі поводяться, як солдати ворожої армії, яка взяла місто штурмом. Народ бачить в цьому Божий гнів і чекає страти. Цар, що правив в той рік Росією, виходить на балкон палацу і каже, що «з Божою стихією / царям не совладеть».
В цей час на Петрової площі верхом на мармуровому статуї лева біля ганку нового розкішного будинку сидить непорушний Євген, не чуючи, як вітер зірвав з нього капелюх, як піднімається вода мочить його підошви, як дощ періщить йому в обличчя. Він дивиться на протилежний берег Неви, де зовсім близько від води живуть в своєму бідному будиночку його кохана зі своєю матір'ю. Неначе зачарований похмурими думками, Євген не може зрушити з місця, а спиною до нього, підносячись над стихією, «варто з скерований рукою кумир на бронзовому коні».
Але ось нарешті Нева ввійшла в береги, вода спала, і Євген, завмираючи душею, поспішає до річки, знаходить човняра і переправляється на інший берег. Він біжить по вулиці і не може дізнатися знайомих місць. Все зруйновано повінню, кругом все нагадує поле битви, валяються тіла. Євген поспішає туди, де стояв знайомий будиночок, але не знаходить його. Він бачить вербу, що росла біля воріт, але немає самих воріт. Не в силах перенести потрясіння, Євген зареготав, втративши розуму.
Новий день, що встає над Петербургом, вже не знаходить слідів давній руйнувань, все приведено в порядок, місто зажив звичним життям. Лише Євген не встояв проти потрясінь. Він блукає по місту, повний похмурих дум, і в вухах його весь час лунає шум бурі. Так в поневіряннях проводить він тиждень, місяць, бродить, харчується милостинею, спить на пристані. Злі діти кидають йому камені слідом, а кучера хльостають батогами, але, здається, він нічого цього не помічає. Його все ще приголомшує внутрішня тривога. Одного разу ближче до осені, в негоду, Євген прокидається і жваво згадує минулорічний жах. Він встає, квапливо бродить і раптово бачить будинок, перед ганком якого стоять мармурові статуї левів з піднятими лапами, і «над огородженій скелею» на бронзовому коні сидить вершник з скерований рукою. Думки Євгена раптово прояснюються, він дізнається це місце і того, «чиєю волею фатальний / Під морем місто заснувався ...». Євген обходить навколо підніжжя пам'ятника, дико дивлячись на статую, він відчуває незвичайне хвилювання і гнів і в гніві загрожує пам'ятника, але раптом йому здалося, що особа грізного царя звертається до нього, а в очах його виблискує гнів, і Євген кидається геть, чуючи за собою важкий тупіт мідних копит. І всю ніч нещасний бігає по місту і йому здається, що вершник з важким тупотом скаче за ним всюди. І з цієї пори, якщо траплялося йому проходити по площі, на якій стоїть статуя, він зніяковіло знімав перед ним картуз і притискав руку до серця, як би просячи прощення у грізного бовдура.
На узбережжі видно малий пустельний острів, куди іноді причалюють рибалки. Наводненье занесло сюди порожній ветхий будиночок, у порога якого знайшли труп бідного Євгенія і тут же «поховали заради Бога».