: Чайка хоче провести життя не в пошуках їжі, а в осягненні польоту. Вигнана зі зграї, вмирає і на небесах досягає досконалості. Жертвуючи небесної життям, вона повертається вчити польоту родичів.
Частина перша
З рибальського судна закидають мережу з приманкою, і Зграя чайок злітається, «щоб хитрістю або силою добути крихти їжі». Тільки одна чайка на ім'я Джонатан Лівінгстон здійснює свої тренувальні польоти в повній самоті. Джонатан порушує всі неписані закони Зграї - зависає в повітрі, літає низько над водою і розвиває величезну швидкість. Він намагається довести своє вміння літати до досконалості.
Джонатан нехтує основним заняттям чайок - здобиччю їжі. Його батьки тривожаться, адже від їхнього сина «залишилися пір'я та кістки». Послухавшись умовлянь, Джонатан тиждень живе, як інші чайки, але потім усвідомлює безглуздість такого існування і повертається до тренувань. Весь наступний тиждень він вчиться керувати польотом на високій швидкості, проте у нього нічого не виходить.
Одного разу, стрімко спускаючись з величезної висоти, Джонатан сильно вдаряється об воду і втрачає свідомість. Прийшовши до тями, він чує голос, що говорить, що Джонатан - всього лише чайка, що не народжена для швидкісних польотів.Він вирішує змиритися і повернутися в Стаю, але по дорозі додому знаходить рішення: швидкістю можна керувати, зменшивши довжину крил. Забувши про невдачу, він тренується і досягає успіху.
Вранці Джонатан випадково врізається в снідати Стаю, але справляється з управлінням. Вдень йому вдається зробити кілька фігур вищого пілотажу. Увечері збирається ще одна порада Зграї. Найстаріший велить Джонатану вийти на середину утвореного чайками кола. Це «або найбільша ганьба, або найбільша честь». Той очікує похвал, адже йому вдалося те, чого до нього не скоювала жодна чайка. Однак Найстаріший примовляє Джонатана до вигнання на Дальні Скелі за нехтування гідності і звичаїв Сім'ї Чайок.
Залишок своїх днів чайка проводить на самоті. Кожен день він дізнається щось нове і вчиться застосовувати свою майстерність, здобуваючи прожиток. Він не сумує за Зграї і проживає «довге щасливе життя».
Частина друга
Джонатан старіє. Одного разу біля його крил з'являються дві сяючі, білосніжні чайки, які вміють літати не гірше, ніж він. Чайки кажуть, що Джонатан - з їх Зграї, і звуть його додому. Піднявшись над хмарами, Джонатан теж стає білим і сяючим. Він потрапляє в інший світ і вирішує, що це небеса, рай для чайок. Джонатан починає забувати про своє минуле життя.
Тут теж живе Зграя. Всі птахи невпинно тренуються. Їх мета - досягти досконалості. Наставник, білосніжна чайка Салліван, каже, що такі птахи, як Джонатан - рідкісне виключення. Зазвичай чайки переходять в інший світ, майже не змінившись, тому кожен наступний світ небагато чим відрізняється від попереднього.Щоб стати такими, як Джонатан, звичайним чайкам доводиться пройти десятки тисяч світів і прожити десятки тисяч життів. Найстаріший Зграї пояснює Джонатану, що цей світ - зовсім не небеса, а небеса - це «не місце і не час, ... це досягнення досконалості». Джонатан наблизиться до досконалості, коли навчиться літати зі швидкістю думки. Найстаріший це вже вміє, і Джонатан просить навчити його.
Через деякий час Джонатан розуміє, що створений досконалим і його можливості безмежні. Він миттєво переміщається на планету з двома сонцями. Тепер Джонатан вчиться переміщатися в часі. Настає день, коли пір'я Найстаршого починають сяяти ще сліпуче. Він зникає, сказавши Джонатану: «Постарайся осягнути, що таке любов».
Незабаром Джонатан починає згадувати про свою стару Зграї. Йому здається, що там могла з'явитися чайка, що зважилася «вирватися з пут свого єства». Можливо, цю чайку теж вигнали. Джонатану все сильніше хочеться повернутися на землю. Даремно Салліван відмовляє його. В один прекрасний день Джонатан повертається додому і знаходить чайку Флетчера, якого засудили до вигнання. Той стає першим учнем Джонатана.
Частина третя
Флетчер Лінд горить бажанням літати і стає майже ідеальним учнем. До кінця третього місяця у Джонатана з'явилося ще шість учнів, все шестеро - «Вигнанці, захоплені новою дивною ідеєю: літати заради радості польоту». Вечорами Джонатан намагається навчити їх ідеї всеосяжної свободи, але змучені за день учні засипають, не дослухавши вчителя.
Ще місяць тому Джонатан вирішує повернутися в Стаю. Хоча учні і проти, вони летять за наставником. Найстаріший наказує не звертати на Вигнанців уваги. Деякий час Джонатан бачить тільки сірі спини одноплемінників, але не надає цьому значення. Він продовжує вчити.
Згодом учні починають слухати Джонатана уважніше, а ночами їх оточують молоді чайки з Зграї - їм теж цікаво слухати наставника. Через місяць після повернення молодь Зграї починає переходити до Джонатану. У одній з чайок, Керка Мейнарда, зламано крило, але він хоче літати і просить Джонатана про допомогу. Джонатан каже йому: «Ти вільний, ... і ніщо не може тобі перешкодити». Керк розправляє крила і піднімається в небо на очах у здивованої Зграї. Учні починають вважати наставника богом.
Через тиждень відбувається нещастя: Флетчер не справляється з управлінням і врізається в гранітну скелю на високій швидкості. Уже в іншому світі його наздоганяє Джонатан і пропонує вибір: залишитися на цьому рівні або повернутися додому. Флетчер повертається. Побачивши, що він не помер, Зграя вирішує, що Джонатан - або Диявол, або Син Великої Чайки. Після цього випадку Флетчер освоює миттєві переміщення.
Незабаром Джонатан вирішує, що він більше не потрібен Зграї. Він наставляє Флетчера: «Продовжуй пошуки самого себе, ... старайся кожен день хоч на крок наблизитися до справжнього всемогутньому Флетчеру. Він твій наставник ». Потім тіло Джонатана починає сяяти примарним світлом, він тане в повітрі, а Флетчер починає тренувати зелених новачків.
