У будинку Івана Петровича Шуйського, в присутності багатьох духовних осіб і деяких бояр, вирішують розвести Федора Івановича з царицею, Годуновой сестрою, завдяки якій, на загальну думку, і тримається Борис. Складають папір, де, поминаючи неплідною цариці і малолітство Димитрія, просять царя вступити в новий шлюб. Головін натякає Шуйського на можливість поставити Димитрія замість Федора, але отримує сувору відсіч. Княжна Мстиславська обносять гостей, п'ють здоров'я Федора. Шаховскому, нареченому Мстиславській, сваха Волохова називає місце таємної зустрічі. Іван Петрович відправляє чолобитну митрополиту, нарікаючи необхідністю губити царицю. Федюк Старков, його дворецький, доносить про бачене Годунову. Той, отримавши з Углича відомості про зносини Головіна з голими і бачачи загрозу своїй владі, оголошує прихильникам своїм, Луп-Клешніна і князю Туреніна, про рішення примиритися з Шуйський. Приходить Федір, нарікаючи на взбрикнувшего коня. З'являється цариця Ірина, якій Федір лукаво повідомляє про красуню Мстиславській, бачені ним у церкві, і тут же запевняє царицю, що вона для нього краше всіх. Годунов говорить про бажання примиритися з Шуйський, і цар з радістю береться залагодити справу.

Федір оголошує про намір примирити Годунова з Шуйський і просить допомоги у митрополита Діонісія та інших духовних осіб. Діонісій дорікає Годунова в утисках церкви, поблажливість до єретиків і відновлення збору податей, від яких була звільнена церква. Годунов вручає йому захисні грамоти і повідомляє про вжиті гоніння на єресь. Цар просить підтримки у Ірини та бояр. Супроводжуваний народними захопленнями, приходить Іван Петрович Шуйський. Федір картає його невідвідування Думи, Шуйський відмовляє неможливістю піддакувати Годунову. Федір, поминаючи Письмо і закликаючи в свідки духовних осіб, говорить про благо примирення, і покірний йому Годунов пропонує Шуйскому єдності. Шуйський дорікає йому в небажанні ділитися управлінням держави, що Іоанн заповідав п'ятьом боярам: Захар'їна (померлому), Мстиславська (насильно пострижені), Бєльському (засланого), Годунову і Шуйського. Годунов, виправдовуючись, говорить про пихи Шуйського, про те, що скористався одноосібної владою на користь Русі, чого призводить і докази; він додає, що важка справа введення в порядок засмучену держави неміло тільки Шуйський. І коли Іван Петрович називає прихильником своїм митрополита, той повідомляє про дії Годунова на користь церкви і схиляє Шуйського до світу. Ірина, показуючи вишивати нею покрив для псковської святині, зізнається, що це її молитовний обітницю за порятунок Шуйського, обложеного колись литовцями в Пскові. Схвильований Шуйський готовий забути колишню ворожнечу, але вимагає від Годунова гарантій безпеки своїм соратникам. Годунов клянеться і цілує хрест. Запрошують виборних від наведеної Шуйським натовпу. Федір заговорює зі старим і не вміє його зупинити, в його племінника дізнається купця Красильникова, тешівшего його недавно ведмежим боєм, згадує його брата Голуба, одолевшего в кулачному бою Шаховського, - не відразу Годунову і Шуйського вдається повернути царя до того, навіщо покликані виборні . Шуйський оголошує про примирення з Годуновим, купці хвилюються ( «Ви нашими миріться головами»), Шуйського дратує недовіру до людини, тільки що присягався на хресті. Купці просять про захист від Годунова царя, але той відсилає їх до Борису. Борис тишком велить записати імена купців.

Вночі в саду Шуйського княжна Мстиславська з Василиною Волохова чекають Шаховського. Він приходить, говорить про любов, про нетерпіння, з яким чекає весілля, смішить її і жартує з нею. Прибігає Красильников, впустивши якого, Шаховської ховається, кличе Івана Петровича і повідомляє, що все, колишні у царя, схоплені за наказом Годунова. Вражений Шуйський велить підняти Москву на Годунова. Заїкнувшись було про Димитрія Головіна він різко обриває і, заявивши, що Борис обманом погубив себе, йде до царя. Решта бояри між тим обговорюють чолобитну, пріісківая нову царицю. Василь Шуйський називає княжну Мстиславській. Брат її вирішується не відразу, бажаючи знайти хоч привід для сварки з Шаховським. Поки він коливається, Головін вписує ім'я княжни в чолобитну. З'являється Шаховської, який заявляє, що наречені не віддасть. Виявляється і княжна з Волохова. При загальному крику, взаємних погрозах і докору Шаховської вихоплює грамоту і тікає. Годунов представляє царя державні папери, у зміст яких той не вдається, а погоджується з рішенням Бориса. Цариця Ірина каже про лист з Углича від вдовуючацариці з проханням повернутися з Димитрієм в Москву. Федір було доручає справу Борису, але Ірина вимагає рішення «сімейної справи» від нього; Федір сперечається з Борисом і дратується його завзятістю. Приходить Шуйський, скаржиться на Годунова. Той не відмикається, пояснюючи, що купці взяті не за минуле, а за спробу розладнати мир між ним і Шуйський. Цар готовий пробачити Годунова, вважаючи, що вони просто не зрозуміли один одного, але непохитне вимога того залишити царевича в Угличі нарешті сердитий царя. Годунов каже, що поступається місцем Шуйського, Федір благає його залишитися, Шуйський, ураженого поведінкою царя, йде. Клешнін приносить переслане з Углича лист Головіна Нагим, Годунов показує його цареві, вимагаючи взяття Шуйського під варту і, може бути, страти його. У разі відмови він загрожує піти. Вражений Федір після довгих коливань відмовляється від послуг Годунова.

Іван Петрович Шуйський втішає княжну Мстиславській: він не допустить її шлюбу з царем і сподівається, що Шаховської НЕ донесе на них. Відіславши княжну, він приймає бояр і втекли Красильникова і Голуба і, припускаючи зсув недоумкуватого Федора і зведення на престол Димитрія, визначає кожному завдання. Відчужений Годунов, сидячи вдома, розпитує Клешнина про Волохова і багато разів повторює, «щоб вона царевича дотримувала». Клешнін відправляє Волохову в УГЛИЧ нової мамкою, велить його берегти і натякає, що, якщо страждає на епілепсію царевич погубить себе сам, з неї не запитають. Між тим Федір не може розібратися в представлених йому паперах. Приходить Клешнін і повідомляє, що Борис захворів від розладу, а Шуйського негайно треба ув'язнити за намір звести на престол Димитрія. Федір не вірить. Входить Шуйський, якому Федір говорить про донос і просить його виправдатися. Князь відмовляється, цар наполягає, Клешнін підбиває. Шуйський визнається у заколоті. Федір, злякавшись, що Годунов покарає Шуйського за зраду, заявляє, що сам велів поставити царевича на престол, і витісняє враженого Шуйського з кімнати. У царські покої вривається Шаховської і просить повернути йому наречену. Федір, углядівши підпис Івана Петровича Шуйського, плаче і не слухає доводів Ірини про безглуздість паперу. Захищаючи Ірину від образ, він підписує Борисов наказ, обертаючи на жах і її, і Шаховського. На мосту через річку старий бунтує народ за Шуйського, гусляр співає про доблесті його. Проїжджає гонець зі звісткою про настання татар. Князь Туренін зі стрільцями веде Шуйського до в'язниці. Підбиває старим народ хоче звільнити Шуйського, але той каже про свою провину перед «святим» царем і про те, що покарання їм заслужено.

Клешнін доповідає Годунову, що Шуйские і їх прихильники посаджені в тюрму, і вводить Василя Івановича Шуйського. Той повертає справу так, ніби затіяв чолобитну для блага Годунова. Розуміючи, що Шуйський в його руках, Годунов його відпускає. Цариця Ірина приходить заступитися за Івана Петровича. Годунов, усвідомлюючи, що Шуйський не припинить йому перечити, непохитний. На площі перед собором жебраки говорять про зміну митрополита, неугодного Годунову, про страту купців, що стояли за Шуйського. Цариця Ірина призводить Мстиславській просити за Шуйського. З собору виходить Федір, відслуживши панахиду по царю Івану. Княжна кидається йому в ноги. Федір шле князя Туреніна за Шуйський. Але Туренін повідомляє, що Шуйський вночі повісився, вінітся, що недогледів (бо відбивав натовп, наведену до в'язниці Шаховським, і відбив, лише застреливши Шаховського). Федір кидається на Туреніна, звинувачуючи його у вбивстві Шуйського, і загрожує йому стратою. Гонець приносить грамоту з Углича про загибель царевича. Вражений цар хоче сам довідатися правди. Приходить повідомлення про наближення хана і швидкої облозі Москви. Годунов пропонує послати Клешнина і Василя Шуйського, і Федір переконується в невинності Годунова. Княжна Мстиславська говорить про намір постригтися. Федір, за порадою дружини, збирається весь тягар правління передати Борису і, поминаючи свій намір «всіх узгодити, все згладити», оплакує свою долю і свій царський борг.