У холодний листопадовий вечір 1851 р Хаджи-Мурат, знаменитий наиб імама Шаміля, в'їжджає в немирний чеченський аул Махкети. Чеченець Садо приймає гостя у своїй саклі, незважаючи на недавній наказ Шаміля затримати чи вбити бунтівного наиба,
У цю ж ніч з російської фортеці Воздвиженській, в п'ятнадцяти верстах від аулу Махкети, виходять у передовій караул три солдати з унтер-офіцером Пановим. Один з них, веселун Авдєєв, згадує, як від туги за домівкою пропив одного разу ротні гроші, і в який раз розповідає, що пішов в солдати на прохання матері, замість сімейного брата.
На цей караул виходять посланці Хаджі-Мурата. Проводжаючи чеченців у фортецю, до князя Воронцова, веселий Авдєєв розпитує про їх дружин, дітей і робить висновок: «А які ці, братик ти мій, Гололобов хлопці хороші».
Полковий командир Куринского полку, син головнокомандувача, флігель-ад'ютант князь Воронцов живе в одному з кращих будинків фортеці з дружиною Марією Василівною, знаменитої петербурзької красунею, і її маленьким сином від першого шлюбу. Незважаючи на те що життя князя вражає мешканців маленької кавказької фортеці своєю розкішшю, подружжю Воронцовим здається, що вони терплять тут великі позбавлення. Звістка про вихід Хаджі-Мурата застає їх за грою в карти з полковими офіцерами.
Цієї ж ночі жителі аулу Махкети, для очищення себе перед Шамілем, намагаються затримати Хаджі-Мурата. Відстрілюючись, той проривається зі своїм мюридом Елдар в ліс, де чекають його інші мюриди - аварец Ханефі і чеченець Гамзаев. Тут Хаджі-Мурат очікує, що відповість князь Воронцов на його пропозицію вийти до росіян і почати на їхньому боці боротьбу проти Шаміля. Він, як завжди, вірить в своє щастя і в те, що на цей раз все вдається йому, як це завжди бувало раніше. Повернувшись на Батьківщину посланник Хан-магом повідомляє, що князь обіцяв прийняти Хаджі-Мурата як дорогого гостя.
Рано вранці дві роти Куринского полку виходять на рубку лісу. Ротні офіцери за випивкою обговорюють недавню смерть в бою генерала Слєпцова. При цій розмові ніхто з них не бачить найважливішого - закінчення людського життя і повернення її до того джерела, з якого вона вийшла, - а бачать тільки військову зухвалість молодого генерала. Під час виходу Хаджі-Мурата переслідують його чеченці мимохідь смертельно ранять веселого солдата Авдєєва; той вмирає в госпіталі, не встигнувши отримати лист матері про те, що дружина його пішла з дому.
Всіх росіян, вперше бачать «страшного горця», вражає його добра, майже дитяча усмішка, почуття власної гідності і ту увагу, проникливість і спокій, з якими він дивиться на оточуючих. Прийом князя Воронцова у фортеці Воздвиженській виявляється краще, ніж очікував Хаджі-Мурат; але тим менше він довіряє князю. Він вимагає, щоб його відправили до самого головнокомандувачу, старого князя Воронцова, в Тифліс.
Під час зустрічі в Тифлісі Воронцов-батько чудово розуміє, що не повинен вірити жодному слову Хаджі-Мурата, бо той завжди залишиться ворогом всього російського, а тепер всього лише підкоряється обставинам. Хаджі-Мурат в свою чергу розуміє, що хитрий князь бачить його наскрізь. При цьому обидва говорять один одному зовсім протилежне своєму розумінню - те, що необхідно для успіху переговорів. Хаджі-Мурат запевняє, що буде вірно служити російському цареві, щоб помститися Шамілю, і ручається, що зможе підняти проти імама весь Дагестан. Але для цього треба, щоб російські викупили з полону сім'ю Хаджі-Мурата. Головнокомандувач обіцяє подумати про це.
Хаджі-Мурат живе в Тифлісі, відвідує театр і бал, все більш відкидаючи в душі образ життя росіян. Він розповідає поставленого до нього ад'ютанта Воронцова Лоріс-Меликова історію свого життя і ворожнечі з Шамілем. Перед слухачем проходить низка жорстоких вбивств, скоєних за законом кревної помсти і по праву сильного. Лоріс-Меліков спостерігає і за мюрідамі Хаджі-Мурата. Один з них, Гамзаев, продовжує вважати Шаміля святим і ненавидить усіх росіян. Інший, Хан-магом, вийшов до росіян тільки через те, що легко грає свою відпускає, і чужими життями; так само легко він може в будь-який момент повернутися до Шамілю. Елдар і Ханефі без міркування коряться Хаджі-Мурату.
Поки Хаджі-Мурат знаходиться в Тифлісі, за розпорядженням імператора Миколи I в січні 1852 р робиться набіг в Чечню. У ньому бере участь і який нещодавно перейшов з гвардії молодий офіцер Бутлер. Він пішов з гвардії через карткового програшу і радіє тепер хорошою, молодечого життя на Кавказі, намагаючись зберегти своє поетичне уявлення про війну. Під час набігу розорений аул Махкети, багнетом в спину вбито підлітка, безглуздо загиджені мечеть і фонтан. Бачачи все це, чеченці відчувають до росіян навіть не ненависть, а тільки гидливість, здивування і бажання винищити їх, як щурів або отруйних павуків. Жителі аулу просять Шаміля про допомогу,
Хаджі-Мурат переїжджає до фортеці Грізну. Тут йому дозволяють мати зносини з горянами через шпигунів, але він не може виїжджати з фортеці інакше як з конвоєм козаків. Його сім'я міститься в цей час під вартою в аулі Ведено, чекаючи рішення Шаміля про свою долю. Шаміль вимагає, щоб Хаджі-Мурат вийшов до нього назад до свята байраму, в іншому випадку загрожує віддати мати його, стару Патимат, по аулах і засліпити улюбленого сина Юсуфа.
Тиждень Хаджі-Мурат живе в фортеці, в будинку майора Петрова. Співмешканка майора, Марія Дмитрівна, переймається повагою до Хаджі-Мурату, чиє поводження помітно відрізняється від грубості і пияцтва, прийнятих серед полкових офіцерів. Між офіцером Бутлером і Хаджі-Муратом зав'язується дружба. Бутлера охоплює «поезія особливою, енергійно горянської життя», відчутна в гірських піснях, які співає Ханефі. Особливо вражає російського офіцера улюблена пісня Хаджі-Мурата - про невідворотність кровної помсти. Незабаром Бутлер стає свідком того, як спокійно Хаджі-Мурат сприймає спробу кровної помсти йому самому з боку кумицкого князя Арслан-Хана,
Переговори про викуп сім'ї, які Хаджі-Мурат веде в Чечні, не мають успіху. Він повертається в Тифліс, потім переїжджає в невелике містечко Нуху, сподіваючись хитрістю або силою все ж вирвати родину у Шаміля. Він числиться на службі у російського царя і отримує п'ять золотих в день. Але тепер, коли він бачить, що росіяни не поспішають звільняти його сім'ю, Хаджі-Мурат сприймає свій вихід як страшний поворот у житті. Він все частіше згадує дитинство, матір, діда і свого сина. Нарешті він вирішує тікати в гори, увірватися з вірними людьми в Ведено, щоб померти або звільнити сім'ю.
Під час верхової прогулянки Хаджі-Мурат разом зі своїми мюрідамі безжально вбиває конвойних козаків. Він розраховує перейти річку Алазань і таким чином втекти від погоні, але йому не вдається верхи перетнути залите весняною водою рисове поле. Погоня наздоганяє його, в нерівному бою Хаджі-Мурат смертельно поранений.
Останні спогади про сім'ю пробігають в його уяві, не викликаючи більш ніякого почуття; але бореться він до останнього подиху.
Відсічені від знівеченого тіла голову Хаджі-Мурата возять по фортецям. У Грізній її показують Бутлеров і Марії Дмитрівні, і вони бачать, що пояснивши губи мертвої голови зберігають дитяче добрий вираз. Марія Дмитрівна особливо вражена жорстокістю «жіворезов», які вбили її недавнього постояльця і не зрадили його тіло землі.
Історія Хаджі-Мурата, властиві йому сила життя і непохитність згадуються при погляді на квітку реп'яха, у повному кольорі роздавлений людьми посеред зораного поля.