У день Борисова вінчання на престол бояри обчислюють плоди його правління: і пресечённий мор, і завершені війни, і врожаї. Вони дивуються, як довго довелося вмовляти Годунова прийняти владу, і лише загроза відлучення від церкви його до того примусила. Борис повертається з собору, збираючись приймати послів. Воєйков повідомляє про перемогу над сибірським ханом. Англійський посол пропонує наречену царевичу Федору; папський нунцій - угода про поєднання церков; австрійський, литовський, шведський, флорентійський посли шанобливо просять хто про допомогу грошима або військами, хто про визнання своїх володінь. Перська і турецька посли звинувачують один одного в зазіханнях на Иверию, посол Іверського царя просить захисту. Всім цар дає належну відповідь, сповнений гідності і сили, і велить впустити всіх охочих в царські палати ( «Між народом руським і царем перешкоди немає!»). Залишившись один, Борис торжествує і, поминаючи смерть царевича, вирішує: то неминуча ціна за велич держави. Незабаром після, чекаючи в монастирській келії постригшейся Ірини, Борис вислуховує донесення Насіння Годунова на Романових, незадоволених скасуванням Юр'єва дня; на Василя Шуйського, лукавого і ненадійного слугу, але, впевнений у своїй силі, нікого не хоче карати. З'являється Ірина, і Борис, нагадуючи їй свої коливання на шляху до влади, просить виправдати його і визнати, що благоденство Росії коштує тієї неправди, через яку він став царем. Ірина, схвалюючи його царство, вимагає, щоб він не забував про свою провину і не прощав себе сам. Залишившись кожен при своєму, вони розлучаються.
У палаці діти Бориса, Федір і Ксенія, слухають розповіді Християна, датського герцога, нареченого Ксенії, - про суворе дитинство, про повернення до двору, про битви у Фландрії з іспанськими військами, але, коли Федір нарікає на свою неробство, Християн зауважує, що його положення, що дозволяє навчатися правлінню при мудрому государі, - багато достойніше. Християн розповідає, як полюбив Ксенію за розповідями послів, купців і полонених, які прославляли поряд з величчю Росії красу, розум і лагідність царівни. Заговорюють про Бориса, і всі сходяться в любові до царя, забувають себе заради слави і благополуччя держави. Всі троє присягаються допомагати один одному. Християн просить увійшов Бориса у разі війни дозволити вести російські війська, але цар відмовляє настали на довгі роки світом. Діти йдуть, а прийшов Семен Годунов оголошує слух про дивно врятувався царевича Димитрія. У своїх покоях цариця Марія Григорівна розпитує дяка Власьева про Християни і, як не вертиться дзигою Власьев, дізнається, що були чутки, ніби не король його батько, і старший брат, нині панує, його недолюблює. Не добившись від дяка обіцянки свідчити про те Борису, вона кличе Дементіївни і з зростаючим роздратуванням дізнається, що Ксенія сиділа разом з братом і нареченим, а цар вітає нові звичаї. Що прийшла Волохова цариця скаржиться, що Борис посватав Ксенію за Нємчина, її не запитавши, і немчин, видно, приворот царівну. Волохова береться поворожити, в чому сила Християна, і розтрощити її ( «Є корінець такий»). У лісі, в розбійницькому стані, отаман Хлопко приймає нові поповнення селян, хто клянеться Бориса і скасування Юр'єва дня. З'являється посадский, який без жодного страху вимагає звільнити своїх супутників, схоплених на московській дорозі розбійницьким дозорним, і повідомляє вірну новину про появу царевича Димитрія. Посадський підбиває Бавовни йти до Брянська і там, пристав до військ царевича, отримати прощення і воювати Годунова. З'являється Митька, тягнучи двох втікачів ченців, Михайла Повадіна і Гришку Отреп'єва, які просяться в хлопковское воїнство. Коли посадский, потішив розбійників боротьбою з Митькою і звелівши викотити бочки вина, раптом пропадає, з'ясовується, що йшли з ним ченці не знають, хто він такий.
Борис змушений зізнатися в тому, що поява нового ворога штовхнуло його на кривавий шлях. Семен Годунов, отряжённий з'ясувати, хто ховається за ім'ям Димитрія, говорить, що і ціною тортур не впізнав нічого. Приискивать ім'я Гришки Отреп'єва, побіжного чудовского ченця, щоб якось перейменувати ворога. Борис розпоряджається помножити шпигунів і знайти доказ на Романових і, крім того, в силу триваючого голоду роздати скарбницю народу, звелівши не слухати байок про царевича. Царевич Федір просить відправити його до військ, царівна Ксенія оплакує зміну в Борисові і його проявилася жорстокість; Християн запитує, чи впевнений Борис в смерті царевича, і переказує чутки. Діти йдуть, з'являється цариця, повна уїдливості і подразнення на Християна, що тлумачить з дітьми про «Царенко». Цар залишається глухий до її вимогу відіслати Християна. Семен Годунов повідомляє про швидке просування зрадників, про перехід до них військ і про завзятому опорі Басманова. Василь Шуйський пропонує Борису відправитися самому до військ або вже послати за вдовствующей царицею, щоб свідчила про смерть сина. Наказав Шуйскому рвати мови тим, хто розпускає чутки, Борис посилає за матір'ю Димитрія. У будинку Федора Микитовича Романова бояри Романови, Сицкий, Рєпнін і Черкаський п'ють за царевича. Приходить Шуйський, повідомляє про наказ Бориса, його розпитують про вироблений їм розшуку в Угличі, він відповідає туманно. Семен Годунов зі стрільцями, звинувативши присутніх у бажанні отрутою вапна государя, бере всіх під варту, одягнувши Василя Шуйського вести допит. Борис, наодинці міркували над доконаним пророкуванням ( «Убитий, але живий»), який прийшов Шуйського велить оголосити з Лобного місця, що той сам в Угличі бачив труп царевича. На Християна між тим насідають радники, що тлумачать, що він повинен відмовитися від шлюбу з Ксенією, що Борис видав себе страхом, що Ксенія дочка лиходія і слуги. Християн, відчуваючи підступають нудоту, вірячи у винність Бориса, не знає, на що зважитися. Приходить Ксенія, і він, плутаючись у словах і думках, говорить про неминучу розлуку, а потім кличе її втекти з ним від батька-вбивці. Непомітно увійшов Федір заступається за батька, вони збираються битися, Ксенія, плачучи, нагадує про дану один одному клятву. Християн марить, і, визнавши його хворим, Ксенія з Федором ведуть його.
На Червоній площі сищики слухають розмови в народі, що йде з панахиди по царевичу Димитрію (там же проголошувалася анафема Гришке). Провокуючи, тлумачачи мови в придатному їм ключі, сищики хапають чи не всіх підряд. Василь Шуйський з Лобного місця веде двозначну мова про наступаючому ворога і каже про розшук в Угличі так, що залишається неясно, хто ж був убитий немовля. Про цю пору привезена з монастиря мати царевича, нині черниця Марфа, чекаючи Бориса і бажаючи йому помститися, вирішує визнати самозванця сином; вона каже, що мертвого сина не бачила, втративши почуттів, а на панахиді сльози застеляли їй очі. Тепер же, почувши про прикмети з'явився царевича, визнає, що він чудово врятувався і живий. Цариця Марія Григорівна, бажаючи викрити обман, вводить Волохову. Горе, що охопило Марфу побачивши зрадниці сина, видає її, але визнати смерть Димитрія всенародно вона відмовляється. Незабаром Борису лікар повідомляє про погіршення здоров'я Християна і про своє безсилля. Семен Годунов приносить грамоту від «Димитрія Івановича», в якій Бориса найбільше пригнічує обіцяна милість у разі добровільної відмови від престолу, а отже, впевненість «злодія» у загальній підтримці. Борис вимагає привести пострижений Клешнина, щоб переконатися в загибелі царевича. Його звуть до Християнові, і незабаром він повідомляє Ксенії і Федору про його смерть.
Двоє вартових, що несуть нічну варту в престольної палаті, в страху ховаються при появі безсонного Бориса. Тому ввижається чийсь образ на престолі, і, виявивши вартових, він посилає їх перевірити, хто там сидить. Семен Годунов призводить Клешнина, який підтверджує смерть Димитрія, нагадує, що термін Борисова правління, передбачений волхвами, підходить до кінця, кличе його покаятися і піти в монастир. Вранці, отримавши від прибулого Басманова відомості про часткову перемогу над «злодієм», Борис каже Федору про необхідність вінчатися на престол і про присягу, до якої будуть наведені бояри. Федір відмовляється від престолу, бо не впевнений, що «злодій" не Димитрій. Борис багатозначно пропонує пред'явити Федору безперечні докази смерті царевича, і той, осягнувши батьківське злочин, в жаху відмовляється від доказів і заявляє, що прийме вінець. В їдальні палаті, чекаючи Басманова і царя, бояри клянуть обох і обмінюються вістями про «царевича». Входить Басманов, нарікаючи на недоречне своє відлучення з військ. З'являється Борис з дітьми. Борис нагороджує Басманова. Бояри, зазначивши смуток Ксенії, жаліють її і розмірковують, що з нею робити, «коли на царство той завітає». Борис вимагає клятви вірності Федору та затвердження цієї присяги в соборі, втрачає сили і падає. При загальному сум'ятті він заявляє, що причиною його смерті не отрута, а скорбота, заповідає боярам дотримуватися клятву, нагадує, що «від зла лише зло народиться», і, оголосивши Федора царем, відходить
