У творі - дві сюжетні лінії, кожна з яких розвивається самостійно. Дія першої розгортається в Москві протягом декількох травневих днів (днів весняного повного місяця) в 30-х рр. XX століття, дія ж другий відбувається теж у травні, але в місті Ершалаиме (Єрусалимі) майже дві тисячі років тому - на самому початку нової ери. Роман побудований таким чином, що глави основної сюжетної лінії перемежовуються главами, складовими другу сюжетну лінію, причому ці вставні глави є те главами з роману майстра, то розповіддю очевидця подій Воланда.
В один з жарких травневих днів в Москві з'являється хтось Воланд, що видає себе за фахівця з чорної магії, а насправді є сатаною. Його супроводжує дивна свита: гарненька відьма-вампір Гелла, розв'язний тип Коров'єв, також відомий як Фагот, похмурий і зловісний Азазелло і веселий товстун Бегемот, який здебільшого постає перед читачем в образі чорного кота неймовірних розмірів.
Першими зустрічаються з Воландом на Патріарших ставках редактор товстого художнього журналу Михайло Олександрович Берліоз і поет Іван Бездомний, який написав антирелігійну поему про Ісуса Христа. Воланд втручається в їхню розмову, стверджуючи, що Христос існував насправді. Як доказ того, що є щось, непідвладне людині, Воланд пророкує, що Берліозові відріже голову російська дівчина-комсомолка. На очах враженого Івана Берліоз відразу потрапляє під трамвай, яким керує дівчина-комсомолка, і йому відрізає голову. Іван безуспішно намагається переслідувати Воланда, а потім, прийшовши в Массолит (Московська Літературна Асоціація), так заплутано викладає послідовність подій, що його відвозять в заміську психіатричну клініку професора Стравінського, де він і зустрічає головного героя роману - майстри.
Воланд, з'явившись в квартиру № 50 будинку 302-біс по Садовій вулиці, яку покійний Берліоз займав разом з директором театру Вар'єте Степаном Ліходєєвим, і знайшовши останнього в стані тяжкого похмілля, пред'являє йому підписаний ним же, Ліходєєвим, контракт на виступ Воланда в театрі, а потім випроваджує його геть з квартири, і Стьопа незрозумілим чином виявляється в Ялті.
Никанор Іванович Босий, голова житлового товариства будинку № 302-біс, є в квартиру № 50 і застає там Коров'єва, який просить здати цю квартиру Воланду, так як Берліоз загинув, а Лиходеев в Ялті. Никанор Іванович після довгих умовлянь погоджується і отримує від Коров'єва понад плату, обумовленої договором, 400 рублів, які ховає у вентиляції. У той же день до Никанора Івановича приходять з ордером на арешт за зберігання валюти, так як ці рублі перетворилися в долари. Приголомшений Никанор Іванович потрапляє в ту ж клініку професора Стравінського.
В цей час фіндиректор Вар'єте Римський і адміністратор Варенуха безуспішно намагаються розшукати по телефону зниклого Лиходеева і дивуються, отримуючи від нього одну за одною телеграми з Ялти з проханням вислати грошей і підтвердити його особистість, так як він покинутий в Ялту гіпнотизером Воландом. Вирішивши, що це - безглуздий жарт Лиходеева, Римський, зібравши телеграми, посилає Варенуху віднести їх «куди треба», проте Варенуха зробити цього не вдається: Азазелло і кіт Бегемот, підхопивши його під руки, доставляють Варенуху в квартиру № 50, а від поцілунку голий відьми Гелла Варенуха позбавляється почуттів.
Увечері на сцені театру Вар'єте починається вистава за участю великого мага Воланда і його свити. Фагот пострілом з пістолета викликає в театрі грошовий дощ, і весь зал ловить падаючі червінці. Потім на сцені відкривається «дамський магазин», де будь-яка жінка з числа тих, хто сидить в залі може безкоштовно одягнутися з ніг до голови. Тут же в магазин вишиковується черга, проте після закінчення вистави червінці перетворюються в папірці, а все, придбане в «дамському магазині», зникає без сліду, змусивши довірливих жінок метатися по вулицях в одній білизні.
Після вистави Римський затримується у себе в кабінеті, і до нього є перетворений поцілунком Гелла в вампіра Варенуха. Побачивши, що той не відкидає тінь, Римський смертельно наляканий і намагається втекти, але на допомогу Варенуху є вампирша Гелла. Рукою, покритої трупними плямами, вона намагається відкрити віконну засувку, а Варенуха чатує біля дверей. Тим часом настає ранок, чується перший крик півня, і вампіри зникають. Не гаючи ні хвилини, миттєво посивілий Римський на таксі мчить на вокзал і кур'єрським поїздом їде до Ленінграда.
Тим часом Іван Бездомний, познайомившись з Майстром, розповідає йому про те, як він зустрівся з дивним іноземцем, який вбив Мішу Берліоза. Майстер пояснює Івану, що зустрівся він на Патріарших з сатаною, і розповідає Івану про себе. Майстром його називала його кохана Маргарита. Будучи істориком за освітою, він працював в одному з музеїв, як раптом несподівано виграв величезну суму - сто тисяч рублів. Він залишив роботу в музеї, зняв дві кімнати в підвалі маленького будиночка в одному з арбатских провулків і почав писати роман про Понтія Пілата. Роман вже був майже закінчений, коли він випадково зустрів на вулиці Маргариту, і любов вразила їх обох миттєво. Маргарита була одружена з гідною людиною, жила з ним в особняку на Арбаті, але не любила його. Кожен день вона приходила до майстра. Роман наближався до кінця, і вони були щасливі. Нарешті роман був дописаний, і майстер відніс його в журнал, але надрукувати його там відмовилися. Проте, уривок з роману був надрукований, і незабаром в газетах з'явилося кілька розгромних статей про роман, підписаних критиками Ариманом, Латунського і Лавровича. І тут майстер відчув, що захворює. Одного разу вночі він кинув роман у піч, але прибігла стривожена Маргарита вихопила з вогню останню пачку листів. Вона пішла, несучи рукопис з собою, щоб гідно попрощатися з чоловіком і вранці повернутися до коханого назавжди, проте через чверть години після її відходу до нього у вікно постукали - розповідаючи Івану свою історію, в цьому місці Майстер знижує голос до шепоту, - і ось через кілька місяців, зимової ночі, прийшовши до себе додому, він виявив свої кімнати зайнятими і відправився в нову заміську клініку, де і живе вже четвертий місяць, без імені і прізвища, просто - хворий з кімнати № 118.
Цього ранку Маргарита прокидається з відчуттям, що щось має статися. Витираючи сльози, вона перебирає листи обгорілої рукописи, розглядає фотографію майстра, а після відправляється на прогулянку в Олександрівський сад. Тут до неї підсаджується Азазелло і повідомляє їй, що якийсь знатний іноземець запрошує її в гості. Маргарита приймає запрошення, тому що сподівається дізнатися хоч щось про Майстра. Увечері того ж дня Маргарита, роздягнувшись догола, натирає тіло кремом, який дав їй Азазелло, стає невидимою і вилітає у вікно. Пролітаючи повз письменницького будинку, Маргарита влаштовує розгром у квартирі критика Латунского, на її думку погубив майстра. Потім Маргариту зустрічає Азазелло і приводить її в квартиру № 50, де вона знайомиться з Воландом і іншими членами його свити. Воланд просить Маргариту бути королевою на його балу. В нагороду він обіцяє виконати її бажання.
Опівночі починається весняний бал повного місяця - великий бал у сатани, на який запрошені донощики, кати, розбещувачі, вбивці - злочинці всіх часів і народів; чоловіки є у фраках, жінки - оголеними. Протягом декількох годин нагая Маргарита вітає гостей, підставляючи руку і коліно для поцілунку. Нарешті бал закінчений, і Воланд запитує у Маргарити, що вона хоче в нагороду за те, що була у нього господинею балу. І Маргарита просить негайно повернути їй майстра. Тут же з'являється майстер в лікарняному вбранні, і Маргарита, порадившись з ним, просить Воланда повернути їх в маленький будиночок на Арбаті, де вони були щасливі.
Тим часом одне московське установа починає цікавитися дивними подіями, що відбуваються в місті, і всі вони шикуються в логічно ясне ціле: і таємничий іноземець Івана Бездомного, і сеанс чорної магії в Вар'єте, і долари Никанора Івановича, і зникнення Римського і Лиходеева. Стає ясно, що все це робота однієї і тієї ж зграї, очолюваної таємничим магом, і всі сліди цієї зграї ведуть в квартиру № 50.
Звернемося тепер до другої сюжетної лінії роману. У палаці Ірода Великого прокуратор Іудеї Понтій Пілат допитує арештованого Ієшуа Га-Ноцрі, якому Синедріон виніс смертний вирок за образу влади кесаря, і вирок цей спрямований на утвердження до Пилата. Допитуючи арештованого, Пілат розуміє, що перед ним не розбійник, підбурювали народ до непокори, а бродячий філософ, що проповідує царство істини і справедливості. Однак римський прокуратор не може відпустити людини, якого звинувачують у злочині проти кесаря, і затверджує смертний вирок. Потім він звертається до первосвященика іудейським Каифой, який в честь наступаючого свята Великодня може відпустити на свободу одного з чотирьох засуджених на страту злочинців; Пилат просить, щоб це був Га-Ноцрі. Однак Каифа йому відмовляє і відпускає розбійника Вар-Раввана. На вершині Лисої гори стоять три хрести, на яких розп'яті засуджені. Після того, як натовп роззяв, що супроводжувала процесію до місця страти, повернулася в місто, на Лисій горі залишається тільки учень Ієшуа Левій Матвій, колишній збирач податків. Кат заколює змучених засуджених, і на гору обрушується раптова злива.
Прокуратор викликає Афрания, начальника своєї таємної служби, і доручає йому вбити Іуду з Кір'ят, який отримав гроші від Синедріону за те, що дозволив у своєму будинку заарештувати Ієшуа Га-Ноцрі. Незабаром молода жінка на ім'я Низу нібито випадково зустрічає в місті Іуду і призначає йому побачення за містом в Гефсиманському саду, де на нього нападають невідомі, заколюють його ножем і відбирають капшук з грошима. Через деякий час Афраний доповідає Пилата про те, що Юда зарізаний, а мішок з грошима - тридцять тетрадрахм - підкинутий в дім первосвященика.
До Пилата призводять Левія Матвія, який показує прокуратору пергамент із записаними їм проповідями Га-Ноцрі. «Найтяжчий порок - боягузтво», - читає прокуратор.
Але повернемося до Москви. На заході сонця на терасі одного з московських будинків прощаються з містом Воланд і його свита. Раптово з'являється Левій Матвій, який пропонує Воланду взяти майстра до себе і нагородити його спокоєм. «А що ж ви не берете його до себе, у світ?» - запитує Воланд. «Він не заслужив світла, він заслужив спокій», - відповідає Левій Матвій. Через деякий час, в будиночок до Маргарити і майстру є Азазелло і приносить пляшку вина - подарунок Воланда. Випивши вина, майстер і Маргарита падають без почуттів; в ту ж мить починається метушня в домі скорботи: помер пацієнт з кімнати № 118; і в ту ж хвилину в особняку на Арбаті молода жінка раптово блідне, схопившись за серце, і падає на підлогу.
Чарівні чорні коні несуть Воланда, його свиту, Маргариту і Майстра. «Ваш роман прочитали, - говорить Воланд Майстра, - і я хотів би показати вам вашого героя. Близько двох тисяч років сидить він на цьому майданчику і бачить уві сні місячну дорогу і хоче йти по ній і розмовляти з бродячим філософом. Ви можете тепер закінчити роман однією фразою ». «Вільний! Він чекає на тебе! » - кричить майстер, і над чорною безоднею загоряється неосяжний місто з садом, до якого простягнулася місячна дорога, і по дорозі цієї стрімко біжить прокуратор.
«Прощайте!» - кричить Воланд; Маргарита і майстер йдуть по мосту через струмок, і Маргарита говорить: «Ось твій вічний будинок, ввечері до тебе прийдуть ті, кого ти любиш, а вночі я буду берегти твій сон».
А в Москві, після того як Воланд покинув її, ще довго триває слідство у справі про злочинну зграю, проте заходи, прийняті до її затриманні, результатів не дають. Досвідчені психіатри дійшли висновку, що члени зграї були небаченої сили гіпнотизер. Проходить кілька років, події тих травневих днів починають забуватися, і тільки професор Іван Миколайович понирі, колишній поет Бездомний, щороку, лише тільки настає весняне святкове повний місяць, з'являється на Патріарших ставках і сідає на ту ж лавку, де вперше зустрівся з Воландом, а потім, пройшовши по Арбату, повертається додому і бачить один і той же сон, в якому до нього приходять і Маргарита, і майстер, і Ієшуа Га-Ноцрі, і жорстокий п'ятий прокуратор Іудеї вершник Понтій Пілат.
