Дія розгортається в маленькому селищі на березі Затоки в мексиканській частині Каліфорнії. Головний герой, Кіно, бідний ловець перлів, прокидається у своїй скромній хатинці з очерету; поруч з ним його дружина Хуана і малюк Койотіто, сплячий в ящику, підвішеному до стелі. Погодувавши дитини, Хуана знову укладає його в ящик. У цей момент, до жаху батьків, скорпіон, спустившись по мотузці, жалить хлопчика. Кіно встигає схопити і розчавити скорпіона, але отрута вже проник в тіло дитини. Хуана намагається висмоктати отруту. На крик дитини збігаються сусіди: укус скорпіона дуже небезпечний, і Кіно несе хлопчика до гарного будинку, де живе білий доктор. Цей «розжиріли, Зледащіли людина» належить до раси, яка «майже чотири століття била, морила голодом, і грабувала, і зневажала одноплемінників Кіно». Дізнавшись від слуги про прихід Кіно, доктор каже, що не бажає лікувати «якихось індіанців» від укусів комах. У Кіно до того ж немає грошей оплатити прийом у лікаря, і слуга повідомляє йому, що доктора немає будинку. Зазнавши почуття сорому, принижений Кіно повертається в свою хатину.
Цього ранку Кіно разом з Хуаном виходить на берег Затоки, щоб почати ловлю перлів. Він сідає в човен, взявши кошик, до якої прив'язана мотузка; інший її кінець прив'язаний до каменя. Це і є його примітивне, але надійне знаряддя лову. Він прямує до перловою балці. Там на «кам'янистому дні, засіяне розламаними відкритими раковинами, фестончатие жемчужніци. Це була та сама банку, яка в минулі століття піднесла короля Іспанії на перше місце в Європі, банку, яка давала йому гроші на ведення воєн і одягла багатими ризами не одну церкву за упокій його душі ». Кіно починає лов: «молодість і гордість» дозволяють йому перебувати під водою більше двох хвилин. Він працює не поспішаючи, вибираючи найбільші черепашки. Як і інші представники свого народу, він любить співати пісні. Сьогодні він співає Пісня підводного світу. Він звик милуватися його химерної красою. Співає в честь перлини, на честь тієї найкрасивішою, що раптом знайдеться. І тут йому дивним чином таланить. Він бачить велику раковину, яка лежить одна, без родичів. Інтуїтивно він відчуває, що вона містить щось особливе. Він відриває раковину від ложа і піднімається на поверхню. Довго не вирішується він відкрити цю раковину. Нарешті він розкриває її ножем. Перед ним величезна перлина, яка не поступається досконало самої місяці. «Вона вбирала в себе світло і немов очищала його і віддавала сріблястим випромінюванням. Вона була велика - з яйце морської чайки. Вона була найбільша в світі ».
У Хуани від радості перехоплює подих. Перевівши погляд на Койотіто, вона зауважує, що набряк у сина спадає, що його тільце поборов отруту. Сповнений щастя, Кіно випускає радісний клич.
Тим часом селище, уподібнений до живого організму, живе своїм життям. Не встигли Кіно, Хуана та інші ловці добрести до очеретяних хатин, як «нерви міста напружилися і завібрував, приймаючи разючу звістку:« Кіно виловив Перлину - найбільшу в світі ». Звістка про те, що Кіно казково розбагатів, негайно змінює до нього ставлення. Кожен думає про те, яку вигоду він може з цього витягти.
Кіно ж віддається мріям, на що він застосує своє багатство: він обвінчається з Ху-Аною в церкві, купить Койотіто новенький матроський костюмчик, побачить його таким, що сидить за партою. Зрештою, головне для нього, неграмотного, пригніченого злиднями і гнітом індіанця, - дати синові освіту, щоб він міг «читати і писати». А до нього в бідну хатину вже поспішає місцевий священик і просить відрахувати гроші на церкву. Білий доктор теж є: він готовий лікувати Койотіто і дає йому ліки, від якого малюкові стає лише гірше. Під час другого візиту він вливає йому в рот якогось зілля, після чого справа йде на поправку. Тим самим він демонструє свою цілющу силу, сподіваючись отримати гарну винагороду. Тепер Кіно треба продати перлину, щоб розрахуватися з доктором.
З раннього ранку він відправляється з цією метою в Ла-Пас, сусіднє місто, до якого примикає селище ловців перлів. І ця подія стає загальним надбанням: все з жадное-, ма стежать за ним. Тепер Кіно належить зіткнутися з скупниками, діють спільно, як «єдиний однорукий скупник», мета якого обдурити, максимально збити ціну, отримати якомога більше прибутку. Одну за одною обходить Кіно їх контори, де йому пропонують зовсім малу ціну за його скарб і до того ж намагаються довести, що перлина не настільки досконала.
І Кіно і Хуана відчувають, як навколо них починає згущуватися атмосфера напруженості; вони немов вступили в нову, незвідану смугу існування, зовсім для них незвичну. Починається цілеспрямована полювання за їх перлиною. Вночі в хатині Кіно відчуває поряд з собою чиєсь легкий рух. Або хтось прослуховує в його житлі. Хуана бачить на обличчі чоловіка рану. Хто це зробив, невідомо. Хуана говорить чоловікові, що їй страшно, що жемчужіна- «недобра», що її потрібно знищити, поки вона не знищила їх самих, пропонує кинути її в море. Але Кіно рішуче заперечує. «Я не здамся, - наполягає він. - Я переможу. Ми не втратимо свого щастя ». Завтра з першими променями сонця вони рушать в дорогу.
Вони знову лягають спати. Тоді Хуана вирішує одна йти до берега і викинути перлину в морі. Помітивши це, Кіно спрямовується слідом за нею, охоплений злістю. В цей час якісь люди, що сховалися в очереті, кидаються на нього, починають його обшукувати. У сутичці з нападниками Кіно вбиває ножем одного з них. Інші тікають. Але перлину їм не вдалося відняти. Підбігли Хуана знайшла її, що випала з рук Кіно, на стежці. Кіно велить їй скоріше бігти до хижі, захопити Койотіто і трошки кукурудзи, щоб на човні врятуватися від ворогів. Але з'ясовується, що в човні, добре просмолённой, його головному багатстві, пробито дно-Вороги і тут постаралися принести йому непоправної шкоди. Він поспішає додому і бачить, що його хатина охоплена полум'ям. З дружиною і дитиною Кіно ховається в наметі Хуана Томаса. Весь селище вирує, обговорюючи пожежа і зникнення сім'ї Кіно.
Вночі з дружиною і малюком він таємно покидає селище. Охоплені страхом, замітаючи сліди, крізь вітер, прикривши обличчя, вони рухаються швидким кроком. Ніхто їх не бачить. У Хуани за плечима мішечок з мізерною їжею, на руках Койотіто. Нарешті вони вступають в безлюдну, пустельну місцевість, починають підніматися в гори. І тут Кіно помічає вдалині людей: двох піших і вершника. Це їх переслідувачі: горяни-шукачі по самим дрібним прикметами здатні виявити, як і куди рухається людина. Охоплені страхом, втікачі продовжують шлях. Але і переслідувачі впевнено рухаються по сліду. Сонце починає стосуватися зубців гранітних гір, і Кіно прямує до щілині, де під скелею струмочок утворив невеликий бочажок. Змучені спрагою, Кіно і Хуана нарешті втамовують її, а мати умиває малюка. Уклавши Койотіто, Кіно з висоти спостерігає, як переслідувачі досягли бочажках, залишивши коня десь внизу, і зупинилися на нічліг. Двоє слідопитів лягають спати, третій з гвинтівкою вартує. Кіно вирішує розправитися з ними. Нечутно спускається він з вершини, озброївшись ножем. У цей момент починає плакати Койотіто. Двоє слідопитів починають це обговорювати. Вони думають, що це завивання койота, і вирішують його «заспокоїти». І в той самий момент, коли один з слідопитів стріляє в напрямку печери, Кіно стрімко кидається на нього, його ніж встромляє ворогові в шию. І в цей момент нагорі з печери лунає несамовитий крик Хуани. Вбито маленький Койотіто.
... Все в Ла-Пасі пам'ятають їх повернення. Вони йдуть охоплені горем, судорожним кроком, немов майстерно зроблені дерев'яні ляльки, йдуть в своє селище, до чорного квадрату, який колись був їх житлом. Потім направляються до Затоки. Вони ні на кого не дивляться, навіть на свою пробиту човен. Кіно тримає в руці перлину. Вона своєрідне дзеркало того, що відбувається. Багато що в ній відбивається. І сама вона змінюється. Її поверхня - сіра, горбиста. Вона - страшна, як злоякісна пухлина. За спиною Кіно варто Хуана, тримаючи в руці свій страшний вузлик з тільцем мертвого сина. І Кіно жбурляє перлину в морі. Довго стоять поруч Кіно і Хуана, не зводять очей з того місця, де зникла перлина.
Заключні рядки повісті такі: «... Перлина торкнулася прекрасної зеленої води і пішла на дно. Погойдуються водорості звали, манили її до себе. На ній грали чудові зелені відблиски. Вона торкнулася піщаного дна. Вода на поверхні моря була як зелене дзеркало. А перлина лежала на дні, серед перистих, схожих на папороть рослин. Краб, скользнувшего повз неї, підняв за собою легке хмарина піску, і, коли воно розсіялася, перлина зникла. І Пісня перлини спочатку перейшла в невиразний шепіт, а потім замовкла зовсім ».